El convento, que quedó muy dañado tras la Guerra Civil, conserva íntegramente la arquitectura de la iglesia, una de las obras más importantes del arquitecto real Juan Gómez de Mora. Su emplazamiento definitivo en la Calle Atocha se debe a la intervención de la reina Margarita de Austria, esposa de Felipe III.

Durante el reinado de Felipe IV se inició la construcción de la iglesia, quedando resueltas las disputas derivadas del intento de la Reina de someter a las monjas a la reforma emprendida por la Madre Mariana de San José, elegida para dirigir la nueva fundación del Monasterio de La Encarnación. Además, este monarca liberó a las monjas de la carga del colegio, encomendándoselo primero a un grupo de mujeres laicas y luego a las asuncionistas, orden que lo regenta hasta el día de hoy.

Saqueado por las tropas francesas, las religiosas no retornaron a él hasta 1816. Con el comienzo de la Guerra Civil, sufrió un incendio y las obras de arte quedaron destruidas, reconstruyéndose en 1946 con la venta de algunas piezas artísticas salvadas por las monjas antes del conflicto. Si bien en 1936 desaparecieron las obras de arte que había en el templo, se conservan las de la clausura, con importantes esculturas y pinturas de los siglos XVII y XVIII, entre las que destacan las de Salvador Maella y Vicente Carducho. En 1995 el Monasterio de Santa Isabel fue declarado Bien de interés cultural con categoría de monumento.

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