A principios de 1756, el organero Leonardo Fernández Dávila comenzó la construcción del órgano destinado a la Capilla del Palacio Real Nuevo. Lo desarrolló siguiendo las técnicas de los sistemas español e italiano, dándolo por concluido en 1759. Sin embargo, no se pudo instalar en la Real Capilla ya que el espacio sacro no había sido aún concluido, por lo que tuvo que ser almacenado. Fue en 1771 cuando se dio inicio al montaje, pero Dávila falleció unos meses después sin ver finalizado su proyecto. Poco antes de morir, recomendó a Jorge Bosch Bernat-Veri para concluir la obra.
En 1772, cuando Bosch retomó el montaje del órgano, habían fallecido ya tanto el organista primero y vicemaestro de la Real Capilla, José de Nebra, como el compositor de la corte, Domenico Scarlatti, pero también el rey Fernando VI y su esposa Bárbara de Braganza, los monarcas impulsores del proyecto inicial. Tal vez por esta razón, Bosch no se limitó a montar el órgano de Fernández Dávila, sino que, sin deshacer lo ya construido, lo rediseñó a su gusto. De este modo, la terminación del órgano se demoró hasta 1778.
Jorge Bosch y Bernat-Veri se dejó influir por el tratado francés L’Art du facteur d’orgues publicado por el constructor de órganos francés, François Dom Bèdos de Celles. Pero además, inventó numerosos registros, como la voz humana en eco y variados registros de lengüeta, dotando al instrumento de amplias posibilidades dinámicas.
Pero el órgano en su estado final incorporó además importantes avances técnicos, como las novedades en la conducción del aire, no conocidas hasta entonces, la doble arca de viento, la manivela tipo biela para que facilita la entonación, la imitación de Flauta Travesera, los teclados completos en arca de expresión o los acoplamientos regulables. Las novedades empleadas por Bosch en este órgano (y otras que pudo utilizar en otros órganos, algunos de ellos hoy desaparecidos) son tan sorprendentes que se acercan a los avances que más tarde hará el famoso constructor de órganos del siglo XIX, Aristide Cavaillé-Coll.
El instrumento ha llegado a la actualidad prácticamente en su estado original, y se halla además en un excelente estado de conservación tras los trabajos de mantenimiento y restauración que ha tenido a lo largo de los años.
