Sobre una cruz de mármol negro asienta la sagrada imagen de Cristo en mármol blanco de Carrara. Es un Cristo totalmente desnudo, de tamaño natural, de tres clavos. La cabeza descansa sobre el hombro derecho y tanto el cabello como el rostro presentan un detallado y delicado estudio en las formas y en la anatomía.
La historia de esta imagen es un tanto complicada. Cellini empezó a labrar el Cristo en Florencia, en 1556, destinado para su propia sepultura. Con la visita del duque gran Cosme I de Médicis y su esposa Eleonora de Toledo cambió el rumbo de la imagen, pues quedaron admirados por tan magnífica obra y su deseo fue adquirirla, con una serie de condiciones impuestas por el escultor, que al final no se cumplieron.
Cosme I de Médicis compró a Cellini el Crucifijo por 1.500 escudos de oro y a su muerte fue su hijo y sucesor Francisco de Médicis quien lo regaló a Felipe II en 1576. El rey prudente aceptó gustoso el regalo, que se trajo embalado en caja de madera, primero por mar y luego en carro hasta Madrid. Felipe II no quería que se abriese la caja hasta que no llegara a su destino, el Real Monasterio de San Lorenzo de El Escorial; pero en el Palacio de El Pardo el rey hizo abrir la caja, quedando todos los presentes maravillados ante una obra tan primorosa. Para el transporte desde El Pardo a El Escorial llegaron cincuenta hombres, que llevaron el Cristo a hombros para evitar la sacudidas fatales por caminos en mal estado.
Fue la primera escultura que entró en el Monasterio y con ello se inicia el afán de Felipe II por coleccionar esculturas, aunque sea con un carácter tan independiente como el de esta pieza. A Felipe II no podemos considerarlo simplemente como fundador de El Escorial. Su actuación personal fue de tal magnitud que nada se hizo allí sin su aprobación. El gusto del rey y sus puntos de vista, tanto en lo estético como en lo material se impusieron de forma tan absorbente que El Escorial vino a ser creación suya, más que de los artistas que trabajaron el él.
En la Entrega segunda de obras donadas al monasterio por Felipe II, fechada en 1576, el Cristo se describe de este modo: “ Xpo. Al natural de marmol blanco que tiene dos varas y quarta de alto puesto en una cruz de piedra negra con las manos y pies enclauados con diadema en la cabeça y debaxo de los pies un letrero que dize: bebenutus celinque ciuei forentinus facieuat 1562: sanblada la dicha cruz en madera, el qual dicho xpo. y cruz, ynbio a su Magestad el Duque de Florencia y a de seruir en la pieza que se hiziere Capitulo en el dicho monasterio”.
El Cristo se colocó en la parte posterior del Coro, en una pequeña capilla, donde se instaló un altar al efecto. A pesar de su gran calidad artística, fue apartado, por su sentido sensual y paganizante, de una contemplación demasiado directa. Al igual que hiciera Miguel Ángel en su Cristo de Santa María Sopra Minerva, el Cristo está totalmente desnudo, y acaso esta fuera la razón para colocarlo lejos de la vista pública, en lugar de un sitio preferente como había ofrecido el rey, en el Capítulo. Durante la Guerra de la Independencia el Cristo fue desmontado por los franceses con intención de llevárselo, siendo mutilado por orden del ministro Quillet. Permaneció en el Monasterio, pues ningún carro pudo transportarlo, debido a su enorme peso. Este episodio pudo dar lugar a la leyenda de que el Cristo estaba hecho de un bloque de mármol y de que los franceses le cortaron los brazos. La realidad es que los brazos se trabajaron aparte y los franceses le causaron algún desperfecto en las piernas.
En 1814 el Cristo fue colocado de nuevo en la capilla del Coro. En 1965 se trasladó al altar de Santa Úrsula y en 1985 se instaló en su emplazamiento actual, la capilla de los Doctores, a los pies de la nave del evangelio. Se le quitó también la corona de espinas, que era de metal, probablemente realizada por Pompeyo Leoni y se cubrió su desnudez con un paño de tela
